Tras la conquista el 4 de Noviembre de 1571, se instaura de forma oficial el Tribunal del Santo Oficio, que dependía del Consejo de la Suprema Institución, es decir, del inquisidor general de la monarquía hispánica. Única institución junto a la monarquía que tenía plenos poderes en cualquier territorio de las Coronas de Castilla y Aragón y América.

Las máximas autoridades de la Santa Inquisición en México eran los inquisidores, estos contaban con un consejo de “Consultores del Santo Oficio”. Mientras que los fiscales y secretarios del secreto, eran los empleados de más alto rango. Respectivamente promulgaban los procesos y autorizaban actas y edictos, eran personas de alta posición social, cultos y doctos.

Asimismo, los consultores intervenían con su voto en los casos graves para condenar a los reos a la pena capital. Existían también los peritos de asuntos teológicos y religiosos, siendo su principal misión persuadir al Santo Oficio en las materias de más difícil resolución. El Santo Oficio disponía de su cuerpo de élite policial, que eran los guardianes de la Santa Fe y los encargados de velar por el cumplimiento de las leyes del Santo Oficio.

De acuerdo con el arqueólogo, Raúl Francisco González Quezada, profesor investigador en el Centro del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) Morelos, la inquisición fue una institución de carácter católico que buscó invadir desde una perspectiva de carácter religioso, es decir de conversión.

Esto debido a que no solamente era una colonización para avanzar sobre territorios que no estaban poblados, sino territorios donde había grandes poblaciones, teniendo la conversión de los gentiles, gente que no mantenía a Jesucristo como la perspectiva del verdadero Dios, como uno de los argumentos.

Señaló que al principio la inquisición en lo que es prácticamente Nueva España, tuvo los primeros “jueces eclesiásticos”, como Martín de Valencia y Domingo de Betanzos, sin embargo, Fray Juan de Zumárraga, fue el primer inquisidor apostólico, quien toma el cargo de obispo de la Nueva España, así como de juez eclesiástico, encargándose de revisar problemas tanto al interior de la misma institución religiosa como en la comunidad.

Temas como herejías, idolatrías, poligamias, y amancebamiento fueron los más denunciados y castigados ante la santa inquisición de ese entonces.

Fue hasta 1535 que nombran de manera oficial a Fray Juan de Zumárraga como primer inquisidor apostólico de la Nueva España. Por siete años, aproximadamente de 1536 a 1542 efectuó una gran cantidad de procesos inquisitorios, calculando entre dos o tres mensuales, principalmente observaba la conducta de los indígenas y también la de los españoles y habitantes en general de Nueva España. Las denuncias era anónimas y los arrestos inmediatos.

González Quezada precisó que el religioso franciscano español realizó entre 160 procesos, de los cuales más de 20 fueron para la nobleza indígena, sacerdotes o gobernantes pero también para españoles que eran acusados de prácticas judaizantes. No obstante, muchas de las querellas considera fueron revanchismos políticos, al ser personas alejadas del tema religioso.

Un caso claro fue Carlos Ometochtli Chichimecatecuhtli, un noble texcocano, a quien pasaron a la hoguera por representar incluso un riesgo de rebelión en la Nueva España, todavía primaria que se estaba formando y consolidando.

Otro ejemplo fue en Morelos, donde un cacique de nombre Cristóbal fue víctima junto con su esposa y una tercera persona de las mentiras de un clérigo, perdiendo su parte de su patrimonio y sancionado a trabajo forzado a parte de sufrir maltrato.

Al Fray de Zumárraga le fue encomendado la comunidad de Ocuituco donde el pueblo entregaba tributos directamente al primer obispo de la diócesis de México, quien no sólo se encargaba de terminar el templo y convento que habían iniciado los Agustinos en el lugar sino también funda un hospital.

El arqueólogo recuerda que en este momento, Fray de Zumárraga recibe la noticia de un proceso contra el cacique de la localidad, de nombre Cristóbal, acusado de esconder ídolos y realizar prácticas paganas. Atendiendo el proceso y de manera inmediata establece una sentencia.

La inquisición tenía procesos muy canónicos para llevar a cabo este tipo de procesos. Se recibían las denuncias, a veces se mantenía en secrecía al acusador y luego se hacia el arresto de las personas, se realizaban los interrogatorios, directamente el acusador y en ocasiones no, frente a un fiscal, se escuchaba la réplica de la persona y finalmente se establecía sentencia.

En este caso, Zumárraga decide sea encadenado y enviado junto con su esposa y otra persona a las minas de Huautla para ejecutar trabajos forzados, quitándole además parte de sus bienes, imponiéndole una multa, y fueron azotados públicamente. A pesar de dicha sentencia, Fray de Zumarraga se da cuenta tiempo después que en realidad la denuncia había sido falsa, montada por un clérigo que el propio Zumárraga puso en la localidad.

Lo anterior, se dio a conocer por documentos del Archivo General de la Nación, mediante el cual se informa que al final no hay justicia, el cacique se escapa de las minas y el clérigo se mantiene por un buen tiempo en el cargo a pesar de hacer una gran cantidad de cosas realmente condenables que Zumárraga intenta llevar a juicio pero no lo logra. Tiempo después pasa una corta estancia en la cárcel San Juan de Ulúa en Veracruz pero realmente nunca pisa de manera permanente la prisión por los delitos que cometió, comenta el arqueólogo.

Zumárraga era un hombre de fe y fue complicado enfrentarse a estas circunstancias. A su vez de su propia decisión tomar este tipo de decisiones, de colocar a un hombre frente a la muerte, siendo un hombre de fe, cristiano.

La Santa Inquisición, insistió, fue una institución que sirvió para ir orientando y obligando a fin de mantener un orden religioso a través del claro ejemplo de que les sucedía a aquellos que cometían herejías, apostasías, idolatrías y/o poligamia, que era precisamente el escarnio público, los humillantes azotes públicos, y perder sus bienes materiales.